《越狱》第2季的结局已经为第3季埋下逃狱伏笔：特工金姆在巴拿马找到了迈克尔兄弟，正欲下手，幸亏在美国成功脱罪的萨拉及时出现，开枪击毙金姆。没料想，巴拿马警察早就埋伏在四周，迈克尔兄弟不得不再度分离。迈克尔毅然替萨拉顶罪，被关进巴拿马超级监狱Sona。而与他一同坐牢的，还有遭女总统用完即弃的联邦密探马洪、娈童逃犯T-Bag和前狱卒队长巴利克。